Allar jarðir sem sjóðurinn vinnur með fara í gegnum Fagráð Votlendissjóðsins sem er skipað fulltrúa Landgræðslunnar, Náttúrufræðistofnunar Íslands, Háskóla Íslands ásamt landslagsarkitekt og jarðvinnusérfræðingi. Ráðið leggur faglegt mat á það hvort tiltekið landssvæði uppfylli skilyrðin sem sett eru, áætlar flatarmálið sem verður endurheimt og ráðleggur á hvern hátt eigi að standa að framkvæmd.

Í fagráðinu sitja:
· Tómas Grétar Gunnarsson, vistfræðingur frá Rannsóknasetri HÍ á Suðurlandi
· Sunna Áskelsdóttir, náttúru- og umhverfisfræðingur frá Landgræðslunni
· Jón Haukur Steingrímsson, jarðverkfræðingur frá EFLU verkfræðistofu
· Guðrún Birna Sigmarsdóttir, fulltrúi Félags íslenskra landslagsarkitekta